Fakhrizadeh a été tué dans une embuscade tendue à sa voiture par des hommes armés dans la ville d'Absard, à l'est de la capitale Téhéran.
Israël n'a pas fait de commentaires, mais il l'a déjà accusé d'être derrière un programme secret d'armes nucléaires.
Fakhrizadeh était le scientifique nucléaire le plus renommé d'Iran, qui dirigeait l'organisation de recherche et d'innovation du ministère de la défense.
Son assassinat menace d'aggraver les tensions sur le programme nucléaire iranien avec les Etats-Unis et son proche allié Israël.
Comment l'Iran a-t-il réagi ?
Le président Rouhani a déclaré que son pays répondrait "en temps voulu" mais que l'assassinat de Fakhrizadeh ne pousserait pas l'Iran à prendre des décisions hâtives, dans des commentaires télévisés samedi.
"Les ennemis de l'Iran devraient savoir que le peuple iranien et les fonctionnaires sont plus courageux que de laisser cet acte criminel sans réponse", a-t-il déclaré lors d'une réunion de cabinet télévisée.
"En temps voulu, ils répondront de ce crime", a-t-il ajouté.
Dans une déclaration précédente, le président a accusé les "mercenaires du régime sioniste oppressif" - en référence à Israël - d'être derrière l'attaque.
"L'assassinat du martyr Fakhrizadeh montre le désespoir de nos ennemis et la profondeur de leur haine... Son martyre ne ralentira pas nos réalisations."
Il n'y a eu aucun commentaire d'Israël sur cet assassinat.
Le New York Times cite trois responsables américains, dont deux responsables des services de renseignement, comme ayant déclaré qu'Israël était derrière l'attaque.
Le nom de Fakhrizadeh a été spécifiquement mentionné dans la présentation du PM israélien Benjamin Netanyahu sur le programme nucléaire iranien en avril 2018.
Hossein Dehghan, conseiller militaire du Guide suprême, l'Ayatollah Ali Khamenei, a juré de "frapper" les auteurs de l'attentat comme le tonnerre.
Le ministre des affaires étrangères Mohammad Javad Zarif a appelé la communauté internationale à "condamner cet acte de terreur d'Etat".
Quel est le contexte ?
L'uranium enrichi est un élément essentiel pour la production d'énergie nucléaire civile et d'armes nucléaires militaires.
Un accord conclu en 2015 avec six puissances mondiales avait fixé des limites à sa production, mais depuis que le président américain Donald Trump a renoncé à cet accord en 2018, l'Iran revient délibérément sur ses engagements.
Toutefois, il insiste sur le fait que son programme nucléaire est exclusivement destiné à des fins pacifiques.
Joe Biden s'est engagé à renouer le dialogue avec l'Iran lorsqu'il deviendra président des États-Unis en janvier, malgré l'opposition de longue date d'Israël.
L'ancien chef de l'Agence centrale de renseignement américaine (CIA), John Brennan, a déclaré que le meurtre du scientifique était un acte "criminel" et "très imprudent" qui risque d'enflammer le conflit dans la région.
Dans une série de tweets, il a déclaré que la mort de Fakhrizadeh "risque d'entraîner des représailles mortelles et un nouveau cycle de conflit régional".
M. Brennan a ajouté qu'il ne savait pas "si un gouvernement étranger avait autorisé ou perpétré le meurtre de Fakhrizadeh".
Qu'est-il arrivé à Mohsen Fakhrizadeh ?
Le ministère iranien de la défense a déclaré que des "terroristes armés" avaient pris pour cible un véhicule transportant Mohsen Fakhrizadeh.
"Après un affrontement entre les terroristes et ses gardes du corps, M. Fakhrizadeh a été gravement blessé et s'est précipité à l'hôpital.
"Malheureusement, les efforts de l'équipe médicale pour le sauver n'ont pas abouti et il est décédé il y a quelques minutes."
Selon les médias iraniens, les attaquants ont ouvert le feu sur le scientifique dans sa voiture.
L'agence de presse Fars avait précédemment rapporté qu'une voiture avait explosé dans la ville d'Absard, des témoins ayant déclaré que "trois à quatre personnes, qui seraient des terroristes, ont été tuées".
On ne sait pas très bien ce qu'il est advenu des hommes armés après l'attaque.
Qui était Mohsen Fakhrizadeh ?
Fakhrizadeh a longtemps été considéré par des sources occidentales de sécurité comme extrêmement puissant et instrumental dans le programme nucléaire iranien.
Selon des documents secrets obtenus par Israël en 2018, il a mené un programme de création d'armes nucléaires.
A l'époque, le Premier ministre israélien Benjamin Netanyahu a déclaré avoir identifié Fakhrizadeh comme le responsable scientifique du programme, et a exhorté les gens à "se souvenir de ce nom".
En 2015, le New York Times l'a comparé à J Robert Oppenheimer, le physicien qui a dirigé le projet Manhattan qui, pendant la Seconde Guerre mondiale, a produit les premières armes atomiques.
Professeur de physique, Fakhrizadeh aurait dirigé le Projet Amad, le prétendu programme secret mis en place en 1989 pour étudier la possibilité de construire une bombe nucléaire.
Il a été arrêté en 2003, selon l'AIEA, bien que M. Netanyahu ait déclaré que les documents retrouvés en 2018 montraient que Fakhrizadeh dirigeait un programme qui poursuivait secrètement le travail du Projet Amad.
L'AIEA a longtemps voulu lui parler dans le cadre de ses enquêtes sur le programme nucléaire iranien.
Les soupçons que l'Iran utilise ce programme comme couverture pour développer une bombe nucléaire ont incité l'UE, les États-Unis et l'ONU à imposer des sanctions paralysantes en 2010.
L'accord conclu en 2015 par l'Iran avec les États-Unis, le Royaume-Uni, la France, la Chine, la Russie et l'Allemagne prévoyait que l'Iran limiterait ses activités nucléaires en échange d'un allègement des sanctions.
Depuis que le président Trump a abandonné l'accord, celui-ci a échoué. Au début de ce mois, l'AIEA a déclaré que l'Iran possédait plus de 12 fois la quantité d'uranium enrichi autorisée par l'accord.
Pendant ce temps, les tensions entre les Etats-Unis et l'Iran se sont intensifiées, atteignant leur point culminant en janvier avec l'assassinat par l'Amérique du Général Qasem Soleimani, commandant de la force Quds des Gardiens de la Révolution iranienne.
Source BBC
Vous nous aimez, prouvez-le....